隨著調景嶺站及將軍澳站大型屋苑紛紛入伙，以及油塘站周邊公共屋邨重建完成，現時將軍澳綫服務深受新市鎮乘客歡迎。 油塘站啟用當日，將軍澳綫介乎油塘站至北角站之間的一段亦提早投入服務，取代觀塘綫使用超過10年的東區海底隧道路段過海往香港島，同時觀塘綫終點站由北角站改為油塘站，讓乘客預先熟習往返觀塘與港島的全新轉車安排。 期間將軍澳綫列車在油塘站落客後，繼續空載駛至五桂山側綫，掉頭駛回油塘站上客，而觀塘綫列車在油塘站落客後，繼續空載駛至調景嶺站的越位隧道，掉頭駛回油塘上客。 將軍澳綫取代觀塘綫作為過海到港島東的路綫，除了令本來無需轉車乘客需要在油塘站轉車，更因將軍澳綫本身的乘客量，令觀塘綫乘客登車難上加難。 將軍澳線 繁忙時間在油塘站可能要等最少2班車，變相對從觀塘綫到港島東（港島綫太古站至柴灣站）的乘客帶來不便，例如往來觀塘綫藍田站及港島綫太古站，原本3個站車程變成需在油塘站及鰂魚涌站轉車。
五桂山隧道為四綫設計，平分予觀塘綫與將軍澳綫使用，並附設五桂山側綫供將軍澳綫康城穿梭列車調頭。 將軍澳綫現時行經鰂魚涌站至北角站路段屬鰂魚涌站轉綫通道紓緩工程的新建路段，該月台於2001年9月27日啟用。 日出康城位於香港新界將軍澳小赤沙將軍澳86區，是一個包括住宅、商場、公園的鐵路上蓋發展計劃。 地盤總面積32.68公頃，總發展面積1,652,800平方米，地積比率（容積率）為5倍；規劃中住宅面積最多1,612,800平方米，商場面積40,000至50,000平方米，綠化及休憩面積為55,000平方米，包括一個面積近200,000平方呎的日出公園。 唯物業設計時期正是香港政府推行八萬五建屋計劃政策，地基採用高地積比設計，備受市民批評。 將軍澳線 城規會最終亦以綜合發展區容許較高的發展密度為理由，使有關項目成功獲批及興建，而且大部份綠化、康樂設施及休憩空間只限住客享用，公眾只可享用商場及面積細小的公共空間。
將軍澳線: 將軍澳綫南延綫
遵從港鐵（地鐵和九鐵）一向的發展模式，興建鐵路時會在沿綫發展私人住宅，一來以其利潤資助工程費用，二來可增加客源。 將軍澳綫全綫新車站月台均带有已退休港鐵建築師區傑棠題寫之書法墨寶，然而相比如港島綫車站的書法字則顯得較為不清晰，並帶有相當明顯的網點，一般相信這是因為原稿DPI不足而出現的印刷問題。 將軍澳線 在星期一至星期六的早上和星期一至星期五下午繁忙時間，將軍澳綫有16列列車運行。
同時，為紓緩鰂魚涌站轉綫通道的擠塞情況及未來的將軍澳綫乘客量需求增加，地鐵公司決定在1998下半年時把現時的北角站月台南方加建兩個月台，使港島綫的月台由側式月台變成島式月台，增建同向跨月台轉車通道，並將觀塘綫由鰂魚涌站暫時延長至北角站，直至將軍澳綫工程完成後一併列入將軍澳綫內。 此路線定線較乘搭港鐵直接及便宜；加上除了將軍澳乘客以外，亦因在葵涌至彩虹之間只作有限度停站，比服務範圍相近的38、40及42C線更為快捷，吸引不少往返荃葵及黃大仙至彩虹的乘客選乘，因此甫開辦便備受歡迎，在繁忙時間、星期六及假日更經常頂閘，九巴會在需要時額外增加班次疏導乘客。 全程車費優惠，折扣後全程車費為$9.2 （現時為11.3）。 車費當時較同區路線較短的98C、98D、297便宜，而此線現時仍比798（$11.4)便宜兩線開辦前是少數落實開辦日期前未有確定路線編號的計劃中新線。 將軍澳線 九龍巴士290B線是290線的特別班次，來往荃灣西站及將軍澳工業邨，不停坑口而停經百勝角及日出康城，經寶琳路及新清水灣道，只在星期一至五繁忙時間服務。
將軍澳線: 使用車輛
2020年：西貢區議會文件顯示，將軍澳綫最繁忙路段載客率為62%（每平方米6人計算）或88%（每平方米4人計算）。 2019年：西貢區議會文件顯示，將軍澳綫最繁忙路段載客率為70%（每平方米6人計算）或98%（每平方米4人計算）。 雖然將軍澳車廠、寶琳站及康城站及建於地面，而油塘站兩層月台分別是地面及架空設計。 將軍澳綫是港鐵首條沒有任何路段建於橋面上的路綫，大部分均是地底隧道路段，只有康城站與百勝角隧道之間有一小段露天路段；康城站啟用之前，更全綫都是密封式隧道。
港鐵將軍澳綫於2014年12月8日起加強列車服務，繁忙時間來往北角至康城的列車行車模式將由原本的「3+1」改為「2+1」，即兩班來往寶琳站，一班來往康城站；同時康城站至北角站的列車班次亦由原來每10分鐘一班加強至每7分鐘一班，每周增加237班列車。 將軍澳線 其中周一至周六早上繁忙時段及周一至周五黃昏繁忙時段共增加201班列車，其餘非繁忙時間則多加36班車，以紓緩油塘站至鰂魚涌站的過海段人流，預計將軍澳綫繁忙時段的整體載客量可上升11.5%。 康城站啟用後，將軍澳綫於繁忙時間以「3+1」形式來往北角站至寶琳站，以及北角站至康城站，每3班往寶琳的列車，就有一班往康城的列車。
將軍澳線: 通車日期
其後，野豬仔更「轉車」至將軍澳綫一列空載列車，一度瑟縮在關愛座不肯離開，最後港鐵被迫安排列車返回車廠，漁護署人員其後到場將其捉走，並已放生。 然而，地鐵公司訂製的韓製Rotem電動列車，未能如期在將軍澳綫服務，而舊款港鐵市區綫現代化列車行走隔音較差，導致噪音問題更嚴重，並一直困擾將軍澳綫乘客，直至2010年4月8日Rotem列車調回將軍澳綫，問題才稍有改善。 相比其他港鐵路綫，將軍澳綫的急彎特別多，原因之一是要連接多個因遷就地形而坐落不同方位的住宅發展區——轉彎路段有北角站至鰂魚涌站、東隧口至油塘站、油塘站至五桂山隧道、將軍澳站至坑口站、將軍澳站至百勝角隧道和百勝角隧道至康城站。 2009年，位於將軍澳新市鎮南部的康城站啟用，車站以支綫形式連接將軍澳站。 導致坑口站及寶琳站的乘客較以往更難上車，加上由於寶琳站只設一個月台，導致將軍澳至寶琳段的主綫難以加密班次。 2020年10月10日，配置MCV車身的12.8米富豪B8L巴士行走本線(荃灣西站方向290A，彩明方向290)，使本線成為該車型的首航路線。
290B荃灣西站開經：大河道、青山公路（荃灣及葵涌段）、昌榮路迴旋處、葵涌道、呈祥道、龍翔道、清水灣道、新清水灣道、順清街、順利邨道、秀茂坪道、寶琳路、寶琳北路、寶康路、唐明街、景嶺路、翠嶺路、寶邑路、環保大道、百勝角路、環保大道及駿日街。 2018年4月起，本組路線先後引入「城市脈搏」塗裝的Enviro500 MMC 12米作掛牌，落車門上方改用動態乘客資訊系統取代「請勿下車」燈箱。 九龍巴士、新世界第一巴士、城巴、龍運巴士及陽光巴士全職員工及家屬（不包括外判職員）可免費乘搭本路線，惟必須拍職員或職員家屬八達通。 〈港鐵公司將因應將軍澳綫及近日事故進行全面資產管理檢討〉，港鐵新聞稿編號零七四/二二，2022年12月5日。 〈【港鐵醉倒】乘客疑睡著 車長開咪叫唔好瞓 港鐵：如屬實會訓示〉，《香港01》，2019年1月31日。 2021年：西貢區議會文件顯示，將軍澳綫最繁忙路段載客率為64%（每平方米6人計算）或90%（每平方米4人計算）。
將軍澳線: 港鐵路綫圖
其間發現一名乘客仍逗留車廂內，於是進行廣播，廣播內容及字眼引起網民熱烈討論。 港鐵表示廣播內容未有依照港鐵指引，如情況屬實，港鐵將訓示車長，要求其日後按指引進行廣播。 2022年：立法會文件顯示，2021年將軍澳綫最繁忙路段載客率為64%（每平方米6人計算）或90%（每平方米4人計算）。 西貢區議會文件顯示，2021年將軍澳綫總乘客量為一億一千三百三十萬人次。 2010年4月8日是韓製列車回歸將軍澳綫的大日子，困擾乘客多年的列車噪音問題終獲妥善解決。
- 2021年6月18日，網上流傳一段影片，一頭野豬仔闖入港鐵鰂魚涌站後，擺脫港鐵職員阻擋，成功登上一列港島綫列車，在列車內來回奔跑，如入無人之境。
- 立法會鐵路事宜小組委員會副主席張欣宇今（6日）於港台《千禧年代》表示，「甩卡」是列車故障中最危險一種，幸安全防護裝置發揮作用，遂無釀成列車一分為二險象，且未有傷亡亦是「好彩」。
- 立法會議員林素蔚提出書面質詢，指將軍澳區人口近年急增，市民乘搭港鐵時車廂越來越擠迫，認為有迫切改善該線網絡，以及加密列車班次。
- 2018年2月12日：一輛往彩明方向的車牌TP字頭的九巴290號巴士，在寶琳路近馬游塘路被警方發現懷疑超速，遂將該巴士截停，並向兼職男司機抄牌，該司機事後已被停職。
- 警方經初步調查，周女涉嫌普通襲擊、刑事毀壞及襲警被捕，帶返警署扣查。
但地鐵公司在同年8月以人口未達目標和財政等因素，明確表態不會興建將軍澳支綫，被議員指斥其與政府欺騙當區居民。 然而政府在1993年發表的《香港鐵路發展研究》則重新倡議興建此綫，隨後在1994年公佈《鐵路發展策略》，將其列為優先興建項目之一。 當時的計劃與後來落成的鐵路之主要分別，是以藍田站作為將軍澳支綫的終點站，並將觀塘綫的終點站暫時由鰂魚涌站延長至天后站，當初的長遠計劃亦建議由藍田西延至馬頭角連接同期倡議的東九龍綫，稱作「藍田—馬頭角綫」。 列車只能在同一個方向到達和離開，列車只會停留一段短時間，以免妨礙下班列車進站；正因如此設計，不時列車會為了保持安全距離而在未到站時減速，甚至停下，直至前方列車離開。
將軍澳線: 使用狀況
將軍澳新市鎮，在將軍澳站以東分支為兩條通往寶琳站和康城站與將軍澳車廠，寶琳至北角的車程約15分鐘，康城至北角的車程約20分鐘。 ~平日、星期六、日及公眾假期繁忙時段，迪士尼綫班次每10分鐘一班。 於非繁忙時段或香港迪士尼樂園關閉期間，則維持每20分鐘一班。 《未配合地鐵訊號 影響逾8萬客 韓製列車「慢行」 恐礙將軍澳綫》，原載《香港經濟日報》。 康城站及將軍澳綫乘客指南 （页面存档备份，存于互联网档案馆），港鐵網站，2009年3月16日。 扣除地價、建築成本及發展商利潤後，即使以最低分紅作保守估算，港鐵從中所賺取的發展利潤多達136.95億元，較當年估算的52億元多出1.6倍，該數據還未計算將軍澳站PopCorn商場的權益。
因此，每小時約有18班列車往寶琳站，另有6班列車往康城站。 往寶琳站的列車班次為2.5分鐘-2.5分鐘-(往康城站列車)-5分鐘一班，往康城站的列車班次為10分鐘一班。 列車以調景嶺為終點站將軍澳綫上行設有兩個終點站，分別為寶琳站與康城站。 至於現時區內的混凝土配料廠，最快於2026年開始清除填料，料於2026年起、於項目發展之前陸續遷出。
將軍澳線: 月台幕門
而寶琳站由於是總站，則沒有上蓋物業，但附近亦有步行數分鐘便可到達的新都城。 將基地搬至九龍灣車廠和輕鐵車廠，以分別負責都城嘉慕和阿爾斯通車卡的日常維修保養，及配合輕鐵Comeng輕軌車輛翻新工程，全數13列Rotem列車現時已調往將軍澳綫行走，取代都城嘉慕列車。 然而Rotem列車的總數未達將軍澳綫所需的16列列車，因此將軍澳綫現在仍有由觀塘綫抽調的都城嘉慕列車行走，派車不定。
另設穿梭車來往調景嶺及康城，並於調景嶺以西的五桂山側綫掉頭。 因應將軍澳車廠終止外判制度，以及康城站2009年啟用，同年3月起每逢假日都有韓製列車行走將軍澳綫，5月起更在平日日間非繁忙時間行走，以測試訊號，及讓新入職車長駕駛韓製列車。 港鐵原本計劃於7月將所有韓製列車調回將軍澳綫，經測試後，察覺到列車上電腦未能準確計算停車位置而影響行車時間和班次，最終決定再次暫緩實施，以調節系統設定。
將軍澳線: 路線資訊
至於東九龍線，他表示，由於鐵路走線沿線地勢起伏，受重型鐵路的爬升能力所限，部份路段須深入地底，預計工程會有相當大的技術困難，主要是克服山勢所造成的技術問題。 他續指，港鐵就上述兩個項目，正因應政府意見，就可行方案作進一步研究，改善項目的設計。 當建議鐵路方案的細節，例如走線、車站位置、落實時間表等完備時，政府會適時公布項目的未來路向。 2022年12月5日上午9時半，一輛由康城駛往北角的列車（A309 / A310）駛至將軍澳站附近時，駕駛室內的斷卡指示器突然亮起，列車隨即被施行緊急制動。
政府在2000年提交立法會的文件清晰指出，港鐵估計將軍澳支綫費用總額達305億元，港鐵不需要政府注資，但要求取得調景嶺、將軍澳市中心、坑口各站和86區車廠（即現時日出康城）的物業發展權。 2019年9月4日，晚上約9時正，大批示威者到寶琳站集結要求站長交待就8月31日晚上將軍澳綫各站提早關閉的原因。 將軍澳線 在不同的非繁忙時間，列車數量均有不同，但會維持2列列車行走康城站至調景嶺站的穿梭列車。
將軍澳線: 將軍澳車廠／康城站項目：日出康城
事故發生後，肇事列車部分車廂的電力供應中斷，無法繼續行駛。 港鐵公司因應這宗事故連同早前油麻地站事故，宣布全面檢討資產管理及維修保養制度。 2014年8月23日早上繁忙時間，將軍澳綫會試行「2+1 模式」，將軍澳綫早上繁忙時間每隔兩班往寶琳站的列車，就有一班列車前往康城站，整體班次由現時每小時24班增加至28班，其中康城的班次加密至約7分鐘一班，每小時由7班增加至10班車。 主綫會轉向北方，經坑口站後進入景林邨與將軍澳游泳池之間的鐵路預留綠化帶，在綠化帶遮蔽下爬升至月台設於地面的寶琳站，支綫則轉向東南進入百勝角隧道。 全長6.4公里的百勝角隧道採用雙線設計，穿越消防及救護學院地底前往康城站，負責保養將軍澳綫列車的港鐵將軍澳車廠即位於康城站旁邊。 工程所需的必要收地及清拆工作如能順利完成，鰂魚涌紓緩擠塞工程及將軍澳支線的建造工程分別可在2000年年底及2002年年中竣工。