為避免與地鐵現有資源重疊，兩鐵合併後的沙中線將取消金鐘東站及中環南站，並擴建地鐵金鐘站作補償。 運輸及房屋局前局長鄭汝樺曾表示有待政府總部搬遷到添馬艦後，當局會再考慮以舊政府總部地底設站，但因為該處同樣面對地質鬆軟的問題，令中環南站至今仍未覓得合適選址。 2008年，運輸及房屋局（運輸及物流局前身）前局長鄭汝樺宣布沙中綫改以金鐘為總站，前往中環站的乘客須轉乘港島綫或荃灣綫。 中環南站在2015年的港鐵中期報告最後一次出現，往後港鐵官方文件已沒有提及此站，意味計劃已被擱置。 1989年，九廣鐵路公司曾有興建過海鐵路的計劃，計劃提及將九廣鐵路－英段由旺角車站延長，以地底隧道方式跨越維多利亞港海底連接位於香港島的炮台山站，再連接維多利亞公園及中環至灣仔填海區，為當時的「第三條過海鐵路」計劃，預計在1998年前落成。
大埔滘站及舊大埔墟站因此停用，後者為位於較南的新建大埔墟站所取代。 1983年7月15日，至羅湖全綫的列車電氣化及鋪設雙軌亦告完成，柴油列車從此退出本地客運服務。 2005年東鐵一列南行列車駛到火炭站時，車底的電動空氣壓縮器支架鬆脫，九鐵其後檢查全列車的116個壓縮器，共發現9個壓縮器支架出現裂紋，但無向政府匯報。
九龍至羅湖全綫電氣化服務通車: 路線正常
另因香港特區政府於2月4日起暫時關閉羅湖及落馬洲管制站，東鐵綫於當日起只維持紅磡站至上水站之本地綫一般列車服務，另設穿梭列車往來上水站與羅湖站以接載持有羅湖特價證之羅湖居民，但不設過境前往中國內地以及城際直通車之服務。 最終，東鐵綫在2021年2月6日啟用新號誌系統及使用新列車行走，同日起港鐵近畿川崎列車不再運轉於東鐵綫，而絕大部分該型號列車並在逐步在改裝後調往屯馬綫繼續行駛；而港鐵中期翻新列車亦於引入新列車行駛東鐵綫起逐步退役。 1910年10月1日，九廣鐵路－英段開通，由九廣鐵路局管理。 通車時設有七個車站，分別為九龍臨時車站、紅磡臨時車站、油蔴地車站、沙田車站、大埔車站、粉嶺車站及羅湖臨時車站，全線為單線鐵路，除九龍臨時車站為單月台車站外，其餘車站均設有兩個月台。 1911年10月8日，華段鐵路建成通車，九廣鐵路英段與華段連接並直通運轉，是為廣九直通車，九廣鐵路北至廣九車站，羅湖臨時車站停用並拆卸。
九廣鐵路（英段）鐵路於1910年10月1日通車，由九廣鐵路局管理。 通車初期車站包括九龍臨時車站、紅磡臨時車站、油蔴地車站、沙田車站、大埔車站、大埔墟旗站、粉嶺車站及羅湖臨時車站。 當時為單線鐵路，除了九龍臨時車站外，所有車站均建有兩個月台。 英段沿線並建有五條隧道，分別位於油蔴地車站以北（1號隧道）、筆架山（2號隧道）、馬料水以南（3號隧道）、馬料水以北（4號隧道）及大埔滘（5號隧道）。 1911年10月5日，華段鐵路建成通車，華、英兩段鐵路接軌，九廣鐵路全線通車，來往九龍及廣州的廣九直通車服務開通，並清拆羅湖臨時車站。
九龍至羅湖全綫電氣化服務通車: 車站啟用
目前東鐵綫大部分車站及路段均建於地面及高架，而港島段、維港段、紅磡灣段、何文田公主道段、畢架山段、大埔滘部分路段以及落馬洲支線部分路段均建於隧道內。 九廣鐵路喺部分車站提供接駁巴士，方便距離車站較遠嘅市民搭九鐵。 輕鐵嘅定位亦包括作為西鐵嘅接駁交通工具，同樣方便距離車站較遠嘅九鐵乘客。 西鐵自悠通前稱節日通，最初係西鐵學生全日通嘅車飛，同西鐵全月通同期開售，售價係$20。
該站採用島式月台設計，並設有四條行人天橋分別連接馬鞍山中心及新港城中心。 大學：車站鄰近香港中文大學，該站採用對向式的月台設計。 烏溪沙：車站為馬鞍山鐵路北行方向的終點站，位於利安村東端。 車站屬島式月台設計，大堂與路面同一水平，車站南端設公共交匯處供乘客轉乘其他交通工具。 車站於1983年投入服務，以取代位於西面的舊站，而舊站則保留成為香港鐵路博物館。
九龍至羅湖全綫電氣化服務通車: 沙中線｜東鐵過海有期 港鐵︰明年6至7月通車 羅湖可直達金鐘
在潘焯鴻在社交平台公開油麻地站月台調查片段，認為事件與1994年1月九龍灣站事故類同，批評港鐵服務質素每況愈下，認為港鐵行政總裁金澤培應為事件負責，並引咎辭職。 不過自九龍南綫在2009年8月通車後，尖東站成為西鐵綫的車站，而東鐵綫則改回以紅磡站為終點站，此改動讓更多新界東的乘客重新改用九龍塘站及旺角站再經荃灣綫前往港島區，太子站及旺角站轉乘人流亦因而再度回升。 九龍至羅湖全綫電氣化服務通車 九龍至羅湖全綫電氣化服務通車 而於2016年10月觀塘綫延綫通車後，油麻地站成為荃灣綫及觀塘綫的正式轉車站，更加劇了彌敦道沿綫的擠迫情況。
現時所有列車均以7卡一列提供服務，在日後有需要時能增加至9卡一列。 九龍至羅湖全綫電氣化服務通車 九龍至羅湖全綫電氣化服務通車 2016年9月18日：一名駕駛此路線的車長被乘客拍攝到駕駛時兩度雙手離開軚盤，並手提着電話與其它人通電話，內容關於對公司安排不滿，其間説話時情緒激動，右手甚至舉起不文動作，中途沒有乘客阻止。 不論是從觀塘區還是皇崗口岸上車，乘客均須在落馬洲管制站前落車及辦理通關手續，過關後在另一邊站位排隊上車，站務員將在乘客上車時收回車票第二存根，乘客如欲保存存根需向站務員提出後方能保存。 2020年2月4日：因應新型冠狀病毒疫情，落馬洲管制站的旅客檢查服務由2月4日凌晨零時起暫停，此路線由當日起暫停服務。
九龍至羅湖全綫電氣化服務通車: 車站結構
後來九廣鐵路局將二三等合併為普通等，車廂等級在電氣化後仍獲保留，成為本港唯一設有頭等車廂之路綫。 由2020年2月4日至2023年1月7日，由於羅湖站不開放予過境人士使用及落馬洲站關閉，東鐵綫所有前往該兩站之列車均於上水站清客。 金鐘⟷沙田為出廠或回廠車，部分由金鐘往車廠的回廠車，會載客至沙田並清客。 當馬場站開放時，臨近賽事完場時，亦會有列車由金鐘單向開往沙田，然後不載客駛往馬場站接載乘客離開。
- 港鐵早前指，因應東鐵過海段軌道接駁工程，需要在今年1月至10月，安排其中8個周日，暫停旺角東站至紅磡站服務，把現有東鐵路軌，連接至新建的紅磡站月台。
- 英段初期路軌，軌距六百一十毫米，工程半路，就全部改用標準路軌，軌距一千四百卅五毫米。
- 除此之外，香港城市大學、浸會大學、九龍塘學校區、大型商場又一城均在附近，不少乘客均使用本站出入。
- 大埔滘站及舊大埔墟站因此停用，後者為位於較南的新建大埔墟站所取代。
- 東鐵綫首班經上水站往落馬洲站的列車於上午5時28分由旺角東站開出；末班車開往金鐘站則於零時04分由上水開出。
2019年9月17日，一列港鐵中期翻新列車其中三卡在紅磡站咽喉區軌道脫軌，最後八卡車廂被甩開並撞毀鄰近的西鐵綫路軌止衝擋，導致東鐵綫旺角東站至紅磡站服務癱瘓，而西鐵綫亦因軌道電路受損而需限速行駛。 九龍至羅湖全綫電氣化服務通車 該處路軌曾於同日凌晨更換，港鐵在事後發現路軌有4處裂縫。 事件後涉事列車的六節車廂停泊在紅磡站1號月台，並於9月20日凌晨用ER20型柴油機車（8003）拖離1號月台。 2019年2月28日，一列港鐵中期翻新列車前往大埔墟站期間，突然傳出巨響，令列車停駛。 職員在列車第一卡及第二卡車頂找到雀屍，疑為一隻小白鷺，其後由食環署檢走，由於現場為有三條路軌，東鐵綫服務未受影響，肇事列車隨後已駛走。
九龍至羅湖全綫電氣化服務通車: 電氣化後的轉變
其中觀塘站、寶琳站與坑口站的港鐵免費接駁巴士站外一度有數百人排隊，大批乘客冒着寒風冷雨排隊近兩小時才能乘搭到巴士。 惟港鐵職員未能提供清晰指示，期間有夫婦由排隊到上車一刻才發現上錯車，故須重新排隊；而將軍澳站職員更發出錯誤資料，派發的「乘車應變錦囊」小冊子列有2013年11月底已取消的隧巴692線。 與此同時，將軍澳隧道在半小時內發生兩宗交通意外，連環車禍讓區內交通「雪上加霜」，嚴重擠塞。 直至當日下午2時許，港鐵開放藍田站後備行車隧道，同時抽調觀塘綫列車有限度提供將軍澳綫過海服務。 港鐵維持每8分鐘的列車服務讓列車直接駛入將軍澳綫前往北角站（即等同將軍澳綫尚未通車時的觀塘綫列車行走路綫）。 此安排一直維持至當天下午5時35分左右，直至架空電纜維修完成。
九廣鐵路公司於事後已為所有壓縮器加上尼龍索帶及U形托架承托以防止鬆脫。 但其後再發現有80個車底部件有裂紋，經過初步調查之後發現東鐵列車在2003年改用列車自動操作系統（ATO）後，對列車組件增加達1倍的壓力。 另外，列車與路軌的接口並非完全吻合而產生震動，令列車懸掛系統可能產生裂紋。
九龍至羅湖全綫電氣化服務通車: 九龍至廣州嘅九廣鐵路
據了解，有關問題涉及整批韓製9卡車設計，但已有方法簡單處理，不會影響9卡車到港及投入服務的時間。 九龍至羅湖全綫電氣化服務通車 就現時9卡車繁忙時間「逼爆」問題，黃表示，已有在繁忙時間加設往紅磡方向特別班，亦增加非繁忙時段班次。 他指，屯馬線全線通車後，東鐵線往九龍方向有三成客量分流到屯馬線。
2019年9月15日，一列觀塘綫列車的其中一個車廂因為被數名乘客多次投訴於停站開門時，受到超過100分貝的電壓聲影響，其後該列車已經駛回九龍灣車廠跟進問題。 2019年10月2日的港鐵不合作運動中，觀塘綫其中一列往黃埔方向的列車多次受示威者阻礙車門關閉及按緊急按鈕。 2019年7月30日的港鐵不合作運動中，觀塘綫其中一列往黃埔方向的列車於調景嶺站多次被示威者阻礙車門關閉及按下緊急按鈕。 港鐵觀塘綫架空路軌建於六條行車線的觀塘道上方，而有媒體在2014年於現場視察發現近觀塘站的天橋橋身外牆位置出現近50處水泥缺損並露出鋼筋外露，而附近橋身亦有輕微裂紋及發霉。 港鐵指自2014年初開始，已在觀塘綫整段高架橋，進行大型勘測及保養工程。
九龍至羅湖全綫電氣化服務通車: 荃灣綫
而上述安排於同年2月6日起取消，羅湖站亦恢復過境服務。 1937年5月1日，九廣鐵路局增設鐵路公車服務，往返粉嶺站至大埔墟站，每日對開七班，供新界居民運送農產。 鐵路公車由兩輛百福三噸貨車改裝而成，提供45個三等座位，並以六缸引擎驅動。
- 為配合更換中期翻新列車，新列車在更換期間亦會同時行走，但因新舊列車車門位置不同，自2020年3月中上旬起，沿綫車站月台上均貼上9節及12節列車車門號碼標貼。
- 據當時報章報道，在1977年有10人死於火車意外，25人受傷；在1978年的9個月內，有4人被柴油火車輾斃，其中3宗在沙田發生。
- 報告亦披露涉事的B、C區月台只用不足10日時間完成紮鐵工序，其中一個倉只用5日完成，低於港鐵所指一般所需時間。
- 死者家屬亦表示曾在同年8月中向港鐵發出律師信，但相隔一個月仍未獲回覆。
以2020年6月的現況計，西鐵公司目前僅餘八鄉維修中心的地皮尚在發展研究階段。 2002年6月25日，政府首次公布研究九鐵公司與兩鐵合併條例授權九鐵公司授予香港鐵路有限公司 (港鐵公司、即合併前的地鐵公司)合併的可行性。 2004年2月，政府邀請兩家公司就可能合併一事展開商議。
九龍至羅湖全綫電氣化服務通車: 車站藝術
當觀塘綫旺角站以北路段發生故障，港鐵可安排列車透過旺角站渡線與荃灣綫直通運行，由黃埔站往返深水埗站至荃灣站沿途各站。 隨東隧於1989年落成，觀塘綫的終點站於同年的8月6日伸延到香港島的鰂魚涌站，與港島綫交匯；新增的藍田站則於同月9日開幕，並於同年10月1日正式啟用。 1984年，有日本財團提出以民間興建營運後轉移模式形式建東區海底隧道，獲得地鐵同意及接洽。 同年，港英政府決定興建第二條過海隧道——東區海底隧道。 2004年，曾有市區綫韓製列車於荃灣綫行走，但最後全數均調回觀塘綫，再於2010年4月8日再次調至行走將軍澳綫。 另外自2012年5月29日晚間起，有中國製列車在荃灣綫載客行駛，但此安排維持了數天即終止。
九龍至羅湖全綫電氣化服務通車: 沙田至中環綫
另外，港鐵亦在2016年興建沙中綫期間在車站C出口大堂外設置多間站外商店，其中包括便利店、麵包餅店、點心蒸飯店等。 因應各區交通情況，九巴巴士路線及班次會按實際情況調整，部分班次可能會在中途站停止服務，乘客請依照在場外勤人員指示。 港鐵：港鐵各綫（機場快綫除外）、輕鐵及港鐵巴士的服務將於晚上11時結束。 九龍至羅湖全綫電氣化服務通車 港鐵表示，由於油麻地站車站設施剛被破壞，車站亦需要關閉。 就通車後對其他交通工具如巴士影響，陳帆表示政府重視市民公共出行，會密切留意市民出行習慣，配合改善，並為確保每種交通工具可持續營運及財務可行。 至於東鐵綫過海段票價，金澤培補充，會展站是唯一一個新站，除該站有新票價制定，其他站票價一樣，舉例旺角東出發的車程時間更短但無加價。